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酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）指將可溶性的抗原或抗體結(jié)合到聚苯乙烯等固相載體上，利用抗原抗體結(jié)合專一性進(jìn)行免疫反應(yīng)的定性和定量檢測(cè)方法。分為夾心法，間接法和競(jìng)爭(zhēng)法三種。

ChiRP（Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一種檢測(cè)與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法。該方法是通過設(shè)計(jì)生物素或鏈霉親和素探針，把目標(biāo)RNA拉下來以后，與其共同作用的DNA染色體片段就會(huì)附在到磁珠上，后通過qRT-PCR、測(cè)序、免疫印跡法和質(zhì)譜分析等確定目的RNA、DNA和RNA結(jié)合蛋白（RBPs）。

研究DNA結(jié)合蛋白與其靶DNA之間相互作用的主要實(shí)驗(yàn)手段之一。原理及流程如下： 鏈親和素磁珠能夠與生物素標(biāo)記DNA/蛋白復(fù)合物結(jié)合。在磁場(chǎng)下或通過離心使結(jié)合物與上清液分離，吸棄上清液并洗滌磁珠，然后用SDS樣品液使蛋白變性而與磁珠分離。分離液中的蛋白質(zhì)用SDS 聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）或雙向電泳分離，SDS PAGE用高靈敏度考馬斯亮藍(lán)（CBB）染色。然后從染色膠上切下所需蛋白帶進(jìn)行質(zhì)

RNA pull down實(shí)驗(yàn) 檢測(cè)RNA結(jié)合蛋白與其靶RNA之間的相互作用。使用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，從而與孵育液中的其他成分分離。復(fù)合物洗脫后，通過western blot實(shí)驗(yàn)檢測(cè)特定的RNA結(jié)合蛋白是否與RNA相互作用。

熒光素酶報(bào)告基因是指以熒光素（luciferin）為底物來檢測(cè)螢火蟲熒光素酶（fireflyluciferase）活性的一種報(bào)告系統(tǒng)。熒光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的過程中，會(huì)發(fā)出生物熒光（bioluminescence）。與熒光蛋白不同的是，熒光素酶不需要額外光源，但是需要加入熒光素。

CHIP-seq，指的是結(jié)合位點(diǎn)分析法，作用為研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用。染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法，是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。